本院目前共有5個學位學程、1個社會學博士班及國防醫學院生命科學研究所， 與10所大學合作博士班學程! 未來將陸續增加專業領域之學位學程，並與更多大學共同合作。
學程內容與資訊詳如下表：
國防醫學院
(目前停止合作，仍有在學生)
中國醫藥大學
臺北醫學大學
海洋大學
網路與資訊系統 博士學位學程
成功大學
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