本院目前共有5個學位學程、1個社會學博士班及國防醫學院生命科學研究所， 與8所大學合作博士班學程! 未來將陸續增加專業領域之學位學程，並與更多大學共同合作。

  學程內容與資訊詳如下表：

學程名稱 合作大學 學校網站連結 微生物基因體學 博士學位學程 中興大學 基因體與系統生物學 碩博士學位學程 臺灣大學 轉譯醫學 博士學位學程 臺灣大學 高雄醫學大學 臺北醫學大學 陽明交通大學 慈濟大學 國防醫學院 資料科學 碩博士學位學程 臺灣大學 轉譯農業科學 博士學位學程 成功大學 社會學公共議題與社會學組 博士班 臺灣大學 政治大學 清華大學 國防醫學院 生命科學研究所 國防醫學院 癌症生物(學)與藥物研發 博士學位學程 中國醫藥大學 (目前停止合作，仍有在學生) 臺北醫學大學 (目前停止合作，仍有在學生) 海洋生物科技 博士學位學程 中山大學 (目前停止合作，仍有在學生) 海洋大學 (目前停止合作，仍有在學生) 網路與資訊系統 博士學位學程 陽明交通大學 (目前停止合作，仍有在學生) 多媒體系統與智慧型運算工程 博士學位學程 成功大學 (目前停止合作，仍有在學生)