本院目前共有9個學位學程，與12所大學合作博士班學位學程!
未來將陸續增加專業領域之學位學程，並與更多大學共同合作。

  學程內容與資訊詳如下表：

學程名稱 合作大學 學校網站連結 癌症生物(學)與藥物研發 博士學位學程 中國醫藥大學 (目前停止共辦招生) 臺北醫學大學 (目前停止共辦招生) 海洋生物科技 博士學位學程 中山大學 (目前停止共辦招生) 海洋大學 轉譯醫學 博士學位學程 臺灣大學 高雄醫學大學 中國醫藥大學 臺北醫學大學 國立陽明交通大學 慈濟大學 國防醫學院 基因體與系統生物學 碩博士學位學程 臺灣大學 微生物基因體學 博士學位學程 中興大學 網路與資訊系統 博士學位學程 交通大學 (目前停止招生) 多媒體系統與智慧型運算工程 博士學位學程 成功大學 (目前停止共辦招生) 資料科學 碩博士學位學程 臺灣大學 轉譯農業科學 博士學位學程 成功大學